31 Jul Recomendaciones para reporte y notificación de variantes de interés de SARS-CoV-2
Desde la caracterización genómica inicial del SARS-CoV-2, el virus se ha dividido en diferentes grupos genéticos. La aparición de mutaciones es un evento natural y esperado dentro del proceso de evolución del virus.
[1] Algunas mutaciones específicas definen los grupos genéticos virales o linajes que actualmente están circulando a nivel mundial. Debido a diversos procesos de microevolución y presiones de selección, pueden aparecer algunas mutaciones adicionales, generando diferencias dentro de cada grupo genético (llamadas variantes).
[ 2,3] Sin embargo, algunas mutaciones pueden favorecer la capacidad del virus en propagarse, cambiar las manifestaciones clínicas, o incluso afectar la eficacia de las vacunas, antivirales o herramientas de diagnóstico. A finales de 2020, algunas variantes que podrían plantear un mayor riesgo para la salud pública mundial han emergido. [4] El 25 de febrero de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) proporcionó definiciones operativas para las variantes de interés (VOI, del inglés Variant of Interest) y las variantes de preocupación (VOC, del inglés Variant of Concern) de SARS-CoV-2. Estas definiciones están disponibles en https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/.
Aunque a las variantes se les ha asignado una nomenclatura sistemática de acuerdo con sus patrones genómicos y filogenéticos (por ejemplo, los asignados por GISAID, Nextstrain y Pango), con el fin de facilitar la denominación y simplificar las comunicaciones públicas, y para evitar el estigma hacia países o lugares específicos donde surgen nuevas variantes, la OMS ha asignado denominaciones simples, fáciles de mencionar y recordar para hacer referencia a las VOC y VOI de SARS-CoV-2, utilizando letras del alfabeto griego.
[4] Actualmente 4 VoCs son reconocidas por la Organización Mundial de la Salud: Alfa (linaje B.1.1.7); Beta (linaje B.1.351); Gamma (linaje B.1.1.28/P.1) y Delta (linaje B.1.617-2). La lista completa de variantes del SARS-CoV2, según la OMS, está disponible en: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/, siendo revisado y actualizado periódicamente.
Debido al impacto potencial en la vigilancia de la salud pública, se requiere notificación a la OPS/OMS bajo el Reglamento Sanitario Internacional cuando se detecta por primera vez una VOC o VOI en un País o territorio.
Sin embargo, la detección inicial de una VOC o un VOI puede ser por secuenciación o RT-PCR de tamizaje, y se basa en análisis de laboratorio relativamente complejos. En este sentido, este lineamento provisional proporciona recomendaciones operativas para el informe y la notificación de VOC y VOI a través de los canales oficiales del RSI.
Tamizaje e identificación de VOC o VOI
Existen diferentes enfoques disponibles para detectar VOC o VOI de SARS-CoV-2 basados en secuenciación genómica o RT-PCR en tiempo real.
Estrategia RT-PCR en tiempo real para la detección e identificación de VOC
A través de la Red de Vigilancia Genómica COVID-19 (COVIGEN), la OPS ha estado apoyando a los países proporcionando reactivos y apoyando la implementación de diferentes protocolos de RT-PCR en tiempo real para la detección rápida y la identificación preliminar de VOC.
Estas pruebas para tamizaje molecular se dirigen a una mutación específica compartida por las VOC Alfa, Beta y Gamma. Sin embargo, esta mutación no está presente en la VOC Delta, por lo tanto, no se puede detectar a través de este ensayo.
La PCR de identificación molecular para VOC Alfa, Beta y Gamma se dirige a una posición específica de la secuencia donde las VOC Alfa, Beta y Gamma tienen una sola mutación específica.
Dado que el tamizaje y la identificación de la VOC Alpha, Beta y Gamma se basan en una mutación puntual, el resultado es presuntivo ya que son necesarias mutaciones adicionales en diferentes posiciones del genoma para clasificar el linaje del virus. Asimismo, la circulación del virus Delta no puede ser descartada ya que no se detecta a través de esta metodología. Hasta ahora, no hay una PCR validada para la discriminación de Delta.
Secuenciación genómica para detección de VOC o VOI
La determinación y confirmación del linaje de una variante circulante de SARS-CoV-2 sólo es posible mediante el análisis filogenético de los datos de secuenciación genómica completa del virus. Varios protocolos para la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2, especialmente los de secuenciación de nueva generación, se encuentran disponibles. [1]
Aunque algunos SARS-CoV-2 circulantes pueden presentar mutaciones específicas asociadas a VOC o VOI, una mutación puntual por sí sola no es suficiente para clasificar el virus como uno de los VOC o VOI reconocidos. En este sentido, al igual que las estrategias de RT-PCR para la detección de VOC, si se utiliza la secuenciación de Sanger y sólo se dispone de la secuencia de un fragmento específico en lugar de todo el genoma, el resultado también debe considerarse como preliminar.
Por lo tanto, la secuenciación del genoma completo es la metodología estándar de oro para identificar y clasificar una VOC o VOI. Esto también se aplica para la detección de la VOC Delta que en este momento sólo se pueden confirmar a través de la secuenciación genómica completa.
FUENTE: ORGANIZACIÓN PANAMERICANA DE LA SALUD (OPS), 27 JULIO 2021
REFERENCIAS
1. Organización Mundial de la Salud. Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health. 8 de enero de 2021. Disponible en https://apps.who.int/iris/handle/10665/338480
2. Organización Panamericana de la Salud. Nota Técnica: Caracterización genómica del SARS-CoV-2 y variantes circulantes en la Región de las Américas. 8 de octubre de 2020. Disponible en https://www.paho.org/es/documentos/nota-tecnica-caracterizacion-genomica-sars-cov-2-variantescirculantes-region-americas
3. Organización Panamericana de la Salud. Orientaciones para la selección de muestras de SARS-CoV-2 para caracterización y vigilancia genómica. 9 de febrero 2021. Disponible en https://www.paho.org/es/documentos/orientaciones-para-seleccion-muestras-sars-cov-2-paracaracterizacion-vigilancia
4. Konings F., Perkins MD, Kuhn JH., et al. SARS-COV-2 VARIANTS OF INTEREST AND CONCERN NAMING SCHEME CONDUCIVE FOR GLOBAL DISCOURSE. Nat Microbiol. 2021. 6(7):821-823.
5. Organización Panamericana de la Salud. Red Regional de Vigilancia Genómica de COVID-19. 2021.
Disponible en: https://www.paho.org/es/temas/influenza/red-regional-vigilancia-genomica-covid-19
